1996年
2月,微電子中心作為主要成員,與清華大學微電子所、北京大學微電子所、中科院半導體所組建“國家北方微電子基地”,成立“深亞微米集成電路技術國家實驗室”。同年還與香港科技大學共同創造微電子聯合實驗室。

吳德馨院士與香港科技大學理學院院長高秉強(前排左)簽署協議,成立微電子聯合實驗室
11月26日,“0.8微米CMOS集成電路芯片制造技術” 獲中科院科學技術進步一等獎。“新結構器件及微細加工研究” 獲中科院科學技術進步二等獎。“VDMOSFET用高陰厚層硅外延片研制” 獲中科院科學技術進步三等獎。
12月,“0.8微米CMOS集成電路芯片制造技術”、“HBT和HEMT基礎技術研究”、 “亞微米技術研究”、 “大電流VDMOS器件研究開發”分獲國家“八五”科技攻關重大成果獎。
12月,“高衍射效率二元光學器件的設計與制備技術”獲國家科技進步三等獎。

微電子中心獲得微電子學與固體電子學博士學位授予權,標志著中心研究生教育又邁上新的臺階。
1997年
12月5日,“砷化鎵材料、器件與電路”、 “萬門高速CMOS門陳列及其專用電路”獲中科院科學技術進步二等獎。
12月, “0.8微米CMOS集成電路芯片制造技術”獲國家科技進步二等獎。
微電子中心所屬的前、后工藝線、電子廠、泰龍公司等單位,生產銷售的半導體器件與機電產品年度創收近2000萬元。
2001年
微電子中心作為中科院知識創新工程試點單位,根據國家和行業發展需求再次對研究方向進行凝練,確定六個研究方向,分別為:深亞微米集成電路關鍵工藝技術、SOI/CMOS集成電路技術、基于“IP”庫的專用集成電路設計、高性能專用集成電路設計、深亞微米微細加工技術、化合物半導體器件與電路。

2月,“亞微米深亞微米CMOS用薄層外延硅材料”、 “0.1μmGaAsHFET器件及深亞微米加工技術”均被評為“九五”國家重點科技攻關計劃優秀科技成果。
2002年
4月12日,中科院院長、黨組書記路甬祥視察微電子中心。

11月,中科院批準設立非法人事業機構中國科學院EDA中心,面向全國開展技術服務。
12月,“0.18 / 0.1微米CMOS集成電路關鍵技術研究”獲北京市科學技術二等獎。
微電子中心和青島青智等企業及自然人合作,成立北京中科微電子技術有限公司。公司立足于面向國內市場,與其它半導體廠商合作,設計和開發有自主知識產權的集成電路產品,并在電腦周邊、音頻產品、汽車電子等產業形成自己的集成電路產品線。